Základní provozní proces CNC frézky obvykle zahrnuje zapnutí, návrat do referenčního bodu, zadání programu, upnutí obrobku, nastavení nástroje, obrábění a vypnutí. Během provozu je třeba dodržovat bezpečnostní provozní postupy, jako je správné oblečení a správné použití tlačítka nouzového zastavení.
Ovládací panel CNC systému se obvykle skládá z CRT monitoru, MDI panelu a ovládacího panelu obráběcího stroje. Programování je základní dovedností pro obsluhu CNC frézky, která zahrnuje ruční i automatické programování.
Na CNC obráběcích strojích, jako jsou obráběcí centra, se sousledné frézování stalo průmyslovým-standardním způsobem řezání díky delší životnosti nástroje a menšímu chvění.
Výběr řezných parametrů se musí řídit určitými zásadami: hrubování má za cíl vysokou rychlost úběru kovu, zatímco dokončování má za cíl vysokou kvalitu povrchu. Klíčové parametry, jako je řezná rychlost Vc a posuv stolu F, lze vypočítat pomocí vzorců.